Virtual CloneDrive é pequeno e, ao contrário dos programas do gênero, muito rápido, além de fácil de usar. Para começar, a interface gráfica é amigável e simples, com poucas opções para não confundir os usuários mais inexperientes. São no total 3 abas: Settings (Opções), Language (Idiomas) e Info (Sobre o Programa).

Para usá-lo, basta escolher o número de drives que deseja emular. A capacidade máxima de drives simultâneos é 15, portanto é possível visualizar e reproduzir o conteúdo de até 15 arquivos de imagem. Depois de escolher o número de drives, siga para o "Meu Computador". Desta forma, os drives virtuais estarão criados.
Agora, clique com o botão direito do mouse e selecione a opção Mount Image (Montar imagem), então escolha o arquivo ISO. Pronto, o CD/DVD vai aparecer como se você colocasse um disco real no drive do gabinete. Para desmontar uma imagem, é necessário apenas escolher Desmount Image (Desmontar imagem).